IL Primo Concilio di Lione si svolge dal 28 giugno al 17 luglio 1245 ed ha come tema dominante il conflitto tra la Chiesa e Federico II.
Il concilio che si articola in tre solenni sessioni e’convocato da papa Innocenzo IV il 24 giugno 1245 a Lione.Gli anni precedenti il primo Concilio di Lione vedono l’aspra lotta tra l’imperatore Federico II e il papato: il primo sogna una egemonia politica dell’impero, suprema autorità sciolta da ogni vincolo e garantito solo da Dio; i papi invece, in linea con le teorie teocratiche che vedono il loro apogeo in Innocenzo III, cercano di garantire l’egemonia e l’iniziativa alla Chiesa di Roma.
Già nel 1240 il vecchio papa Gregorio IX scomunica l’imperatore svevo col pretesto che non era partito per la crociata, e convoca un concilio con lo scopo di condannarlo solennemente. L’imperatore tuttavia, nella primavera del 1241, attacca la flotta genovese che portava i prelati a Roma per il concilio, e li fa prigionieri; una volta ottenuto il rinvio del concilio, lancia un appello ai cardinali e alla chiesa contro il papa.
Il nuovo papa, fin dai primi giorni di governo, intavola e porta a termine trattative di pace con i rappresentanti di Federico II.
All’inizio il papa annuncia i 5 problemi che affliggono la chiesa, ossia:
la corruzione della fede e dei costumi;
il mancato recupero della Terra Santa (Gerusalemme era caduta in mano turca nel 1244); lo scisma della chiesa orientale;
il pericolo dei tartari;
il contrasto con il contumace Federico II.
Mentre sui primi problemi il concilio redigerà dei decreti che il papa rivede anche oltre la fine del concilio, il problema centrale resta il rapporto con l’imperatore. Malgrado i tentativi del
rappresentante di Federico II, Taddeo di Sessa, di non riconoscere il concilio e di convocarne un altro che fosse rappresentativo del potere civile, con una procedura senza precedenti il concilio priva l’imperatore di tutti i diritti imperiali e regali, compreso quello dell’obbedienza da parte dei sudditi, e viene solennemente deposto come spergiuro, apostata e traditore.
Altri canoni e decreti del concilio riguardano gli altri problemi sollevati dal papa nella riunione iniziale: viene definito l’aiuto all’impero latino di Costantinopoli e si fa appello ad una nuova crociata; viene deciso di resistere ai tartari, per evitare la prospettiva apocalittica di una terra senza fedeli.
La deposizione di Federico II invece non chiude il conflitto tra il potere papale e quello imperiale.